Ở giai đoạn cuối mùa giải, khi mà một số đội bóng của các ông bầu là thành viên VPF đang thi đấu chật vật hoặc có cơ hội thăng hạng, vấn đề các ông bầu vừa điều hành giải đấu vừa có đội bóng thi đấu có đảm bảo tính khách quan hay không càng được nhắc đến nhiều. Với những nghi ngại này, Phó chủ tịch VFF Nguyễn Lân Trung cho biết: “Rõ ràng như thế là có vấn đề, không ổn, vấn đề này đã được nhắc đến từ lâu như người ta vẫn nói là “vừa đá bóng vừa thổi còi”. Người điều hành giải đấu phải là người nằm ngoài cuộc chơi thì mới đảm bảo tính công bằng, minh bạch vì khi anh vừa đá bóng lại vừa là người cầm còi thì dù thế nào vẫn khó tránh khỏi dị nghị.”
Ông Nguyễn Lân Trung khẳng định: "Các ông bầu nên tự nhận ra các bất cập của VPF"
Tại sao VFF không lên tiếng mạnh mẽ về vấn đề này ngay từ lúc đầu khi VPF mới thành lập, ông Nguyễn Lân Trung trả lời: “Ở thời điểm đó, trong hoàn cảnh như thế này khi VPF ra đời, VFF hoàn toàn ủng hộ. Phải nhắc lại, chúng tôi đã ủng hộ rất hết mình và tạo điều kiện rất tối đa về mọi mặt để VPF có thể hoạt động tốt, điều hành giải đấu tốt. Khi đó, nếu VFF lên tiếng, sẽ có rất nhiều người không ủng hộ, cho rằng VFF là thế nọ, thế kia, cản trở sự phát triển của bóng đá Việt Nam. Không phải ai khác, mà chính những ông bầu, thành viên của VPF phải tự nhìn nhận ra những bất cập của mình và thay đổi.”
Với mô hình như vậy, VPF điều hành giải đấu liệu có đảm bảo tính công bằng, Phó chủ tịch VFF Nguyễn Lân Trung phân tích: “Tôi nói những vấn như trên không có nghĩa là chúng ta không ủng hộ VPF. VPF là một tổ chức mới ra đời và bất cứ cái gì cũng vậy, khi mới xuất hiện bao giờ cũng gặp nhiều khó khăn, bỡ ngỡ, phải hoạt động thực tiễn rồi rút kinh nghiệm mới tìm ra được một con đường đi cụ thể, đúng đắn. Việc một tổ chức ra đời để tập trung vào điều hành giải đấu một cách chuyên nghiệp, VFF đã nghĩ đến từ trước, giả sử VPF không ra đời thì VFF cũng sẽ tiến hành thành lập một tổ chức tương tự như vậy.
VPF có điều hành tốt giải đấu hay không, mô hình này có đảm bảo không thì phải đến khi kết thúc mùa giải mới có thể đánh giá được. Hoạt động của VPF thời gian qua cũng là một sự thử nghiệm.”
Ngoài việc cơ cấu nhân sự của VPF gồm các ông bầu đang có đội bóng thi đấu, một vấn đề khác cũng được ông Nguyễn Lân Trung thẳng thắn chỉ ra: “ Tôi thấy vấn đề không ổn là VPF đã chi quá nhiều tiền vào giải đấu V-League. Một giải VĐQG bao giờ cũng là giải đấu để kiếm tiền về cho nền bóng đá và từ đó, dùng số tiền này để phát triển bóng đá. Trước đây, BTC giải có cơ cấu gọn nhẹ hơn và vẫn có thể điều hành giải đấu, giờ đây, chi phí cho giải tăng lên. Trước đây, từ nguồn thu của giải đấu, gồm nguồn thu từ nhà tài trợ và các nguồn thu khác, VFF trích ra khoảng 20 tỷ để đầu tư vào bóng đá trẻ, đầu tư cho ĐTQG. Các nguồn thu từ giải đấu V-League này là của VFF, chứ cũng không phải các ông bầu bỏ ra, và chẳng có lý do gì mà yêu cầu họ phải bỏ tiền ra cả. Giờ đây khi VPF điều hành giải đấu, thì số tiền 20 tỷ đó không còn mà tiêu tốn quá tập trung vào giải đấu V-League".
Để kết lại, ông Nguyễn Lân Trung phát biểu: “Tôi cho rằng, chúng ta vẫn nên ủng hộ VPF, ủng hộ cho tất cả những cá nhân và tổ chức nào vì bóng đá Việt Nam, hoạt động để phát triển bóng đá Việt Nam. Tuy nhiên, VPF cũng nên có những bước điều chỉnh lại cơ cấu và hoạt động của mình cho phù hợp hơn nữa”.